Virus Corona Dapat Dianalisa Melalui Ilmu Bioinformatika
Selasa, 07 April 2020 - 09:30 WIB
Virus Corona Dapat Dianalisa Melalui Ilmu Bioinformatika
A
A
A
JAKARTA - Jumlah kasus positif virus corona di Indonesia mencapai angka 2.491 kasus, 192 sembuh, dan 209 meninggal dunia per Senin (6/4/2020). Sementara, Secara global, sebanyak 69.444 jiwa meninggal dunia dan berhasil sembuh mencapai 260.247 jiwa. Fenomena pandemi Covid-19 ini dikategorikan sebagai bagian dari isu-isu global kontemporer.
Para pakar kesehatan dunia menyebutkan bahwa Indonesia menghadapi lonjakan jumlah pasien. Hingga hari ini, kasus positif Covid-19 telah menyebar di 32 provinsi. Penambahan kasus masih terjadi di sejumlah provinsi, terutama di DKI Jakarta. Empat provinsi lainnya yang masuk dalam daftar 5 besar daerah dengan jumlah kasus terbanyak adalah Jawa Barat, Banten, Jawa Tengah, dan Jawa Timur.
Pandemi virus corona ini juga menjadi perhatian ilmu bioinformatika, ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Dr.rer.nat, Arli Aditya Parkesit selaku Kepala Jurusan Bioinformatika Indonesia International Institute for Life Sciences (i3l) menjelaskan, virus corona atau SARS-CoV-2 sebagai penyebab penyakit COVID-19 dapat dianalisis oleh ilmu bioinformatika dalam rangka mencari solusi untuk cetak-biru diagnostik, pengobatan, dan pencegahan dalam bentuk vaksin.
“Dalam konteks diagnostik, yang dilakukan adalah navigasi ke basis data genome SARS-CoV-2 untuk mencari conserve region yang dapat dikembangkan sebagai marker untuk diagnosis molekuler. Kemudian, dalam konteks pengobatan, ada dua strategi yang dikembangkan oleh bioinformatisi. Yang pertama adalah menggunakan basis data obat yang sudah ada, atau drug repurposing,” kata Arli.
“Kedua dengan menggunakan basis data herbal, yang juga sudah banyak dikembangkan oleh China dan terakhir, dalam konteks pengembangan vaksin, kita menggunakan metode immunoinformatika untuk mendesain vaksin generasi baru yang lebih aman karena materi genetikanya tidak diikutsertakan,” sambung dia.
Pengembangan diagnosis, pengobatan, dan pencegahan dengan ilmu bioinformatika ini dimungkinkan dengan sudah tersedianya basis data urutan atau sekuens genome dan proteome virus SARS-CoV-2 di basis data genbank. Sementara itu, struktur 3D proteinnya tersedia di basis data RCSB/PDB (Protein Data Bank).
Lalu, apa yang harus dilakukan saat pandemic virus corona? Secara umum, kata Arli, ikuti aturan dari pemerintah, seperti physical distancing, rajin cuci tangan, pakai masker, dan lainnya. (Baca juga: Penting Jaga Kuku Tetap Pendek Selama Pandemi COVID-19 ).
“Jangan pergi ke rumah sakit jika tidak sakit berat, terutama ikuti petunjuk dari RT/RW terkait pengamanan wilayah masing-masing. Dissenting opinion atau perbedaan pendapat terhadap ketentuan atau kebijakan pemerintah harap serahkan ke ahlinya, seperti pakar epidemiology/public health, dokter spesialis penyakit dalam dan paru, maupun ilmuwan yang bekerja di bidang terkait virologi seperti molecular pharmacology, biomedik dan bioinformatics,” jelasnya.
“Kami para bioinformatisi percaya bahwa segala sesuatu harus diserahkan pada ahlinya. Pemerintah dan swasta sudah membuka lowongan untuk volunteer terkait pengembangan diagnostic COVID-19, yang akan sangat baik jika diikuti oleh semua pihak terkait. Selain itu, Kami sudah punya konsorsium keilmuan bioinformatika, yaitu MABBI (Masyarakat Bioinformatika dan Biodiversitas Indonesia). Dan konsorsium kami sekarang bekerja penuh waktu secara kolaboratif untuk menemukan metode diagnostic, pengobatan, dan pencegahan yang teroptimal terhadap SARS-CoV-2/COVID-19, dan I3L terlibat penuh di konsorsium tersebut,” tambah Arli.
Sementara, beberapa negara sedang mencoba mengembangkan vaksin dan pemerintah Indonesia sendiri sudah membentuk task-force untuk mengembangkan vaksin COVID-19. Namun, berdasarkan data pohon filogeni terakhir mengenai SARS-CoV-2, virus ini memiliki beberapa klaster, yang dimungkinkan berkembang menjadi beberapa subtype.
“Fenomena ini juga terjadi pada virus lain, seperti HIV, Flu, dan Dengue/DENV. Konsekuensinya, desain vaksin kedepannya sangat mungkin harus membuat tulang punggung atau backbone yang dapat mengkover semua klaster, yang bukannya tak mungkin akan berkembang menjadi subtype sendiri,” papar dia.
“Tantangan terbesar semua ini adalah materi genetic SARS-CoV-2 yang berupa RNA, sehingga sangat mudah bermutasi. Ini yang menyebabkan pengembangan vaksin sangat menantang, walaupun jika menggunakan ilmu bioinformatika dan instrument biomedis molekuler termutakhir, kemungkinan berhasil selalu ada,” pungkasnya.
Para pakar kesehatan dunia menyebutkan bahwa Indonesia menghadapi lonjakan jumlah pasien. Hingga hari ini, kasus positif Covid-19 telah menyebar di 32 provinsi. Penambahan kasus masih terjadi di sejumlah provinsi, terutama di DKI Jakarta. Empat provinsi lainnya yang masuk dalam daftar 5 besar daerah dengan jumlah kasus terbanyak adalah Jawa Barat, Banten, Jawa Tengah, dan Jawa Timur.
Pandemi virus corona ini juga menjadi perhatian ilmu bioinformatika, ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Dr.rer.nat, Arli Aditya Parkesit selaku Kepala Jurusan Bioinformatika Indonesia International Institute for Life Sciences (i3l) menjelaskan, virus corona atau SARS-CoV-2 sebagai penyebab penyakit COVID-19 dapat dianalisis oleh ilmu bioinformatika dalam rangka mencari solusi untuk cetak-biru diagnostik, pengobatan, dan pencegahan dalam bentuk vaksin.
“Dalam konteks diagnostik, yang dilakukan adalah navigasi ke basis data genome SARS-CoV-2 untuk mencari conserve region yang dapat dikembangkan sebagai marker untuk diagnosis molekuler. Kemudian, dalam konteks pengobatan, ada dua strategi yang dikembangkan oleh bioinformatisi. Yang pertama adalah menggunakan basis data obat yang sudah ada, atau drug repurposing,” kata Arli.
“Kedua dengan menggunakan basis data herbal, yang juga sudah banyak dikembangkan oleh China dan terakhir, dalam konteks pengembangan vaksin, kita menggunakan metode immunoinformatika untuk mendesain vaksin generasi baru yang lebih aman karena materi genetikanya tidak diikutsertakan,” sambung dia.
Pengembangan diagnosis, pengobatan, dan pencegahan dengan ilmu bioinformatika ini dimungkinkan dengan sudah tersedianya basis data urutan atau sekuens genome dan proteome virus SARS-CoV-2 di basis data genbank. Sementara itu, struktur 3D proteinnya tersedia di basis data RCSB/PDB (Protein Data Bank).
Lalu, apa yang harus dilakukan saat pandemic virus corona? Secara umum, kata Arli, ikuti aturan dari pemerintah, seperti physical distancing, rajin cuci tangan, pakai masker, dan lainnya. (Baca juga: Penting Jaga Kuku Tetap Pendek Selama Pandemi COVID-19 ).
“Jangan pergi ke rumah sakit jika tidak sakit berat, terutama ikuti petunjuk dari RT/RW terkait pengamanan wilayah masing-masing. Dissenting opinion atau perbedaan pendapat terhadap ketentuan atau kebijakan pemerintah harap serahkan ke ahlinya, seperti pakar epidemiology/public health, dokter spesialis penyakit dalam dan paru, maupun ilmuwan yang bekerja di bidang terkait virologi seperti molecular pharmacology, biomedik dan bioinformatics,” jelasnya.
“Kami para bioinformatisi percaya bahwa segala sesuatu harus diserahkan pada ahlinya. Pemerintah dan swasta sudah membuka lowongan untuk volunteer terkait pengembangan diagnostic COVID-19, yang akan sangat baik jika diikuti oleh semua pihak terkait. Selain itu, Kami sudah punya konsorsium keilmuan bioinformatika, yaitu MABBI (Masyarakat Bioinformatika dan Biodiversitas Indonesia). Dan konsorsium kami sekarang bekerja penuh waktu secara kolaboratif untuk menemukan metode diagnostic, pengobatan, dan pencegahan yang teroptimal terhadap SARS-CoV-2/COVID-19, dan I3L terlibat penuh di konsorsium tersebut,” tambah Arli.
Sementara, beberapa negara sedang mencoba mengembangkan vaksin dan pemerintah Indonesia sendiri sudah membentuk task-force untuk mengembangkan vaksin COVID-19. Namun, berdasarkan data pohon filogeni terakhir mengenai SARS-CoV-2, virus ini memiliki beberapa klaster, yang dimungkinkan berkembang menjadi beberapa subtype.
“Fenomena ini juga terjadi pada virus lain, seperti HIV, Flu, dan Dengue/DENV. Konsekuensinya, desain vaksin kedepannya sangat mungkin harus membuat tulang punggung atau backbone yang dapat mengkover semua klaster, yang bukannya tak mungkin akan berkembang menjadi subtype sendiri,” papar dia.
“Tantangan terbesar semua ini adalah materi genetic SARS-CoV-2 yang berupa RNA, sehingga sangat mudah bermutasi. Ini yang menyebabkan pengembangan vaksin sangat menantang, walaupun jika menggunakan ilmu bioinformatika dan instrument biomedis molekuler termutakhir, kemungkinan berhasil selalu ada,” pungkasnya.
(tdy)
